项目的组织方式可分为 职能型、项目型、矩阵型三种。职能部门型适用于规模较小、偏重于技术的项目；项目型适用于规模较大、技术复杂时的项目；矩阵型适用于规模巨大、技术复杂的项目。矩阵型又可细分为弱矩阵型、平衡矩阵型（以称中矩阵）、强矩阵型。
职能型组织
职能型组织的优点：
- 具有较强大的的技术支持，便于知识、技能和经验的交流；
- 员工有清晰的职业生涯晋升路线；
- 员工直线沟通简单，责任和权限很清晰
- 有利于以重复性工作为主的过程管理。
职能型组织的缺点：
- 职能利益优先于项目，具有狭隘性；
- 组织之间的横向之间的联系薄弱、部门间协调难度大；
- 项目经理极少或缺少权力、权威；
- 项目管理发展方向不明，缺少项目基准
项目型组织
项目型组织的优点：权责分明，利于统一指挥，目标明确单一，沟通简洁、方便，决策快。
项目型组织的缺点：管理成本过高，如项目的工作量不足则资源配置效率低；项目环境比较封闭，不利于沟通、技术知识共享等；员工缺乏事业上的连续性和保障等。
矩阵型组织
在矩阵型组织内，项目团队成员来自相关部门，同时接受部门经理和项目经理的领导，矩阵型组织兼有职能型和项目型的特征。依据项目经理对资源的影响程度，矩阵型组织可分为弱矩阵型组织、平衡矩阵型组织和强矩阵型组织。
弱矩阵型组织保持着很多职能型组织的特征，弱矩阵型组织内项目经理对资源的影响力弱于部门经理，项目经理的角色与其说是管理者，不如说是协调人和发布人。平衡矩阵型组织内项目的经理要与职能经理平等地分享权利。强矩阵型组织中，项目经理的权力大于职能部门经理。